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Sécurité des probiotiques

   Lorsque vous faites de la choucroute à la maison, vous n'avez pas besoin d'ajouter des bactéries de démarrage pour la faire fermenter, car les bactéries productrices d'acide lactique sont déjà présentes sur les feuilles de chou elles-mêmes, c'est-à-dire en fait sur le terrain. Cela suggère déjà que les fruits et légumes crus peuvent non seulement être une source de fibres prébiotiques, mais aussi une source de probiotiques. C'est l'atout principal des légumes lacto-fermentés que les régimes alimentaires traditionnels connaissent bien. Environ 35 % des souches, appartenant principalement aux espèces Lactobacilles plantarum, survivent très bien à l'environnement gastrique et intestinal. Cependant, la plupart des travaux portant sur les bactéries associées aux plantes ne se sont focalisés que sur un nombre relativement faible de bactéries pathogènes.

    Les chercheurs ont donc travaillé sur la caractérisation de ces communautés bactériennes et ont trouvé deux choses intéressantes. Tout d'abord, les microbiotes présents sur chaque type de produit sont significativement distincts les uns des autres. Cependant certains types de plantes ont tendance à partager des populations bactériennes plutôt similaires. C'est le cas par exemple des choux, des épinards, de la laitue, des tomates, des poivrons et des fraises, relativement riches en taxons appartenant à la famille des Enterobacteriaceae ;  alors que les pommes, et les pêches sont plutôt riches en taxons appartenant aux phyla (familles) Actinobacteria, Bacteroïdetes, Firmicutes et Protéobactéries. Par contre, les raisins et les champignons hébergent des populations bactériennes très différentes des autres produits végétaux.

   Ainsi, les fruits des arbres hébergent des bactéries différentes des légumes du sol. Si ces bactéries s'avèrent être bonnes pour nous, cela souligne l'importance de manger non seulement une plus grande quantité de produits végétaux, mais aussi une plus grande variété de fruits et de légumes, tous les jours. Deuxièmement, les chercheurs ont constaté qu'il y avait des différences significatives dans la composition des communautés microbiennes entre les produits conventionnels et les produits biologiques. Ce qui n'est pas vraiment surprenant à vrai dire. Les Enterobacteriaceae sont généralement moins abondantes sur les produits issus de l'agriculture biologique.

   Ceci met en évidence le fait que l'impact des bactéries sur la santé humaine pourrait être potentiellement différent selon les produits conventionnels et biologiques, mais on ne sait pas pas dans quelle direction. Les chercheurs ont certes trouvé des différences bactériennes sur le bio par rapport à l'agriculture conventionnelle, mais nous n'en savons pas assez sur les bactéries des fruits et des légumes pour déterminer quelles communautés bactériennes sont bonnes pour la santé.

    Qu'en est-il des suppléments probiotiques ? J'ai déjà parlé des avantages, mais il semble en toute honnêteté y avoir un biais de publication dans la littérature scientifique sur les probiotiques (voir la publication de Matthieu Million et Didier Raoult, 2012, Eur J Epidemiol. 27;885-886). C'est quelque chose que l'on voit souvent avec l'industrie pharmaceutique ; le commanditaire, par exemple telle société de suppléments (payant pour sa propre recherche probiotique) peut ne pas publier des résultats négatifs - comme si les études n'avaient jamais eu lieu. Alors évidemment les soignants ne voient juste que les études positives. C'est normal (humain !) : un boucher ne vend jamais de mauvaise viande… et si l'on s'enquiert d'un médecin, on le veut "bon" ! Personne ne recherche un mauvais ophtalmo…

   En utilisant des techniques statistiques sophistiquées, on a estimé que pas moins de 20 études peu ou non "flatteuses" étaient simplement occultées. Et dans les études qui ont été publiées, même lorsque les auteurs étaient directement sponsorisés par une entreprise de yaourts, les conflits d'intérêts étaient très souvent non rapportés.

    Il y a aussi eu des préoccupations au sujet de la sécurité. Un rapport officiel a conclu qu'il y avait un manque d'évaluation et de déclaration systématique des effets indésirables dans les études d'intervention probiotique. De ce fait, les preuves disponibles dans les essais contrôlés randomisés peuvent ne pas indiquer un risque accru pour le grand public, et la littérature actuelle n'est pas bien équipée pour répondre en toute confiance aux questions portant sur la sécurité des probiotiques.

   En 2008, une étude publiée dans le journal Lancet a quelque peu effrayé les lecteurs. La pancréatite aiguë - une inflammation soudaine du pancréas - est en augmentation en Europe et aux USA (5 % de plus par an semble t'il) ; elle peut mettre la vie en danger dans certains cas (10 à 30 % de mortalité) par apparition de pancréatite nécrosante. On pense que des proliférations bactériennes de l'intestin grêle (le SIBO) traverseraient secondairement la barrière intestinale devenue poreuse et infecteraient nos organes internes. Les antibiotiques ne semblent pas fonctionner.

   Alors qu'en est-il des probiotiques censés "faire le ménage" dans un microbiote perverti ? On avait déjà travaillé sur des rats en 1999, en provoquant une pancréatite nécrosante par laparotomie (ouverture de la cavité abdominale) et en endommageant mécaniquement leur pancréas. Les probiotiques avaient été plus efficaces que l'antibiotique. A la lumière des travaux antérieurs on savait donc que les probiotiques montraient des preuves solides d'efficacité sans aucune indication d'effets nocifs.

   Ainsi en 2008 au cours de cette étude du Lancet la moitié des personnes atteintes de pancréatite ont reçu des probiotiques vs placebo et dans les dix jours, les taux de mortalité ont grimpé dans le groupe probiotique comparativement au groupe placebo. Plus de deux fois plus de personnes sont mortes sous probiotiques. Les probiotiques pour la pancréatite aiguë, ce n'est probablement pas une bonne idée. Les probiotiques ne peuvent plus être considérés comme complètement inoffensifs. Si l'étude semble correctement montée et statistiquement correcte, hélas je n'ai pas pu retrouver la composition des souches de probiotiques.

   Les chercheurs ont été critiqués pour ne pas avoir averti les patients du risque avant de s'inscrire à l'étude. Les sujets de l'étude ont été informés que les probiotiques avaient une longue histoire d'utilisation sûre sans effets secondaires connus. En réponse aux critiques, les chercheurs ont répondu qu'il n'y a eu aucun effet secondaire, jusqu'à leur étude. Mais tout peut arriver, même l'imprévu. Toute thérapeutique a ses limites, comme toute chose.

   Cependant, n'oublions pas que "le microbe n'est rien, c'est le terrain qui est tout". Peut-être faudrait-il refaire l'expérience mais cette fois avec des participants ayant préalablement reçu un traitement probiotique… ce qui n'est pas une mince affaire. Mais quand même, il s'agit là d'une circonstance clinique bien particulière, et penser à prescrire un traitement probiotique dans ce cas là semble quelque peu tordu. D'ailleurs les souches véritablement "adéquates" ont-elles été administrées ? On n'en sait rien. Les probiotiques modifient le terrain, le microbiote, le métabolisme, l'immunité, mais on n'a jamais montré un effet directement antibiotique au cours d'une infection, en dehors des cultures en laboratoire. Dans cette étude du Lancet, en fait on n'a aucune idée du mécanisme par lequel les probiotiques seraient néfastes. On constate simplement que l'ajout de probiotiques augmente la mortalité. Ils sont peut-être très indirectement responsables. Il est clair que dans l'utilisation quotidienne universelle des probiotiques en pratique courante, on n'a aucun problème particulier.


   Références :

  • Leff JW, Fierer N. Bacterial communities associated with the surfaces of fresh fruits and vegetables. PLoS One. 2013;8(3):e59310.

  • Million M, Raoult D. Publication biases in probiotics. Eur J Epidemiol. 2012 Nov;27(11):885-6.

  • Investigators: Hempel S, Newberry S, Ruelaz A, Wang, Z, Miles JNV, Suttorp MJ, Johnsen B, Shanman R, Slusser W, Fu N, Smith A, Roth B, Polak J, Motala A, Perry T, Shekelle PG. Safety of Probiotics to Reduce Risk and Prevent or Treat Disease. Evidence Reports/Technology Assessments, No. 200.

  • Besselink MG, van Santvoort HC, Buskens E, Boermeester MA, van Goor H, Timmerman HM, Nieuwenhuijs VB, Bollen TL, van Ramshorst B, Witteman BJ, Rosman C, Ploeg RJ, Brink MA, Schaapherder AF, Dejong CH, Wahab PJ, van Laarhoven CJ, van der Harst E, van Eijck CH, Cuesta MA, Akkermans LM, Gooszen HG; Dutch Acute Pancreatitis Study Group. Probiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: a randomised, double-blind, placebo-controlled trial. Lancet. 2008 Feb 23;371(9613):651-659.

  • [No authors listed] Expression of concern--Probiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: a randomised, double-blind, placebo-controlled trial. Lancet. 2010 Mar 13;375(9718):875-6.

  • Gooszen HG; Dutch Pancreatitis Study Group. The PROPATRIA trial: best practices at the time were followed. Lancet. 2010 Apr 10;375(9722):1249-50.

  • Besselink MG, Timmerman HM, Buskens E, Nieuwenhuijs VB, Akkermans LM, Gooszen HG; Dutch Acute Pancreatitis Study Group. Probiotic prophylaxis in patients with predicted severe acute pancreatitis (PROPATRIA): design and rationale of a double-blind, placebo-controlled randomised multicenter trial [ISRCTN38327949]. BMC Surg. 2004 Sep 29;4:12.

  • Tarasenko VS, Stadnikov AA, Nikitenko VI, Kubyshkin VA, Valyshev AV. Experimental validation of efficiency of probiotics in combined therapy of destructive pancreatitis. Bulletin of Experimental Biology and Medicine February 2000, Volume 129, Issue 2, pp 176–178.

  • Hooijmans CR, de Vries RB, Rovers MM, Gooszen HG, Ritskes-Hoitinga M. The effects of probiotic supplementation on experimental acute pancreatitis: a systematic review and meta-analysis. PLoS One. 2012;7(11):e48811.

  • Viali B, Minervini G, Rizzello CG, Spisni E, Maccaferri S, Brigidi P, Gobbetti M, Di Cagno R. Novel probiotic candidates for humans isolated from raw fruits and vegetables. Novel probiotic candidates for humans isolated from raw fruits and vegetables.