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Transmission maternelle de microbes in utéro

Une des récentes surprises de la colonisation de l'intestin est la découverte que ce processus peut débuter in utéro. L'environnement intra-utérin est traditionnellement considéré comme stérile, dans les conditions normales, avec une colonisation microbienne débutant à la naissance, lorsque le nouveau né est exposé à une avalanche de microbes, commençant avec ceux du microbiote vaginal, périnéal et fécal. Cependant des analyses en culture ont détecté des microorganismes dans le liquide amniotique, les membranes fœtales, le cordon ombilical et le placenta, même dans les cas où les membranes ne sont pas rompues, et dans les cas de césarienne.

Des bactéries vivantes ont été isolées du méconium (la première expulsion intestinale du bébé), composé de matériel qui a été ingéré ou sécrété par l'intestin durant  la vie fœtale. Alors qu'il est difficile d'éliminer complètement une possible contamination bactérienne externe des échantillons intra utérins humains, des travaux expérimentaux effectués chez les souris ont montré un efflux de bactéries depuis l'intestin maternel vers celui de l'enfant.

On a inoculé oralement des souris enceintes avec une souche d' Enterococcus faecium génétiquement caractérisée, et on a pu isoler puis détecter cette souche dans le méconium de la progéniture, délivrée par césarienne effectuée 24 heures avant la date présumée du début du travail. A l'inverse, la souche n'a pas pu être détectée chez les mères qui n'avaient pas été inoculées. Une tel efflux bactérien a pu être facilité par la translocation bactérienne depuis l'intestin vers les ganglions lymphoïdes mésentériques présents pendant la fin de la grossesse, permettant l'entrée des bactéries dans la circulation générale.

Le fait que les cellules mononucléées du sang périphérique de mères allaitantes ont été montrées porteuses d'un grand pourcentage de signatures d'ADN bactériens, et pour une partie de celles-ci, de bactéries intactes, suggère que le transport des bactéries dans le sang et la lymphe pourrait de faire au sein de sous groupes de ces cellules immunitaires.

Par la suite, plusieurs travaux utilisant la méthode du pyroséquençage génétique des ARN 16 S ribosomiaux ont étudié la diversité du microbiote présent dans le méconium. Ces analyses ont révélé la présence à ce niveau de substantiels assemblages de bactéries. Dans la plupart des cas, la composition taxonomique du microbiote méconial n'est pas dépendante du mode de délivrance, sauf dans une étude où des échantillons ont été obtenus par écouvillonnage rectal après passage du méconium. Dans ce cas, la composition des échantillons bactériens obtenus par écouvillon ne pouvait pas être distinguée d'échantillons bactériens provenant d'autres parties du corps (peau, muqueuse orale et nasopharyngée), et ressemblait fortement au microbiote vaginal ou cutané, en relation avec le mode de délivrance. Ceci est en nette contradiction avec les résultats d'une autre étude, où la composition taxonomique du microbiote méconial, chez les accouchés par voie naturelle ou par césarienne, différait clairement de celle du microbiote qui pourrait aisément contaminer le méconium pendant ou juste après la naissance, comme celui du vagin, de la peau ou des fèces des souris enceintes. Cependant, cette étude montre des similarités de composition entre le microbiote du méconium et celui présent chez les nouveaux nés durant les premières semaines de vie, et quelques souches méconiales ont été retrouvées dans l'intestin de descendants âgés de plus de 7 mois. Ces résultats montrent bien que le microbiote méconial possède une origine intra utérine et qu'il participe à la colonisation de l'intestin.

La proposition que le microbiote passe de manière contrôlée dans la circulation d'individus sains est révolutionnaire mais controversée, car cela met à mal que la notion que la translocation bactérienne pourrait déclencher un infection. De plus, les implications de la colonisation bactérienne intra utérine sur la santé sont proprement énormes, puisque les bactéries atteignant l'intestin fœtal pourraient fortement affecter la trajectoire du développement immun, métabolique et somatique de l'hôte.

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