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    Tiens toi tranquille phage ô mon virus                                ou le phage bien tempéré...


Les phages, ce sont des virus spécialisés qui infectent les bactéries. 

Découverts en 1917, on les retrouve un peu partout et en particulier, ils sont présents dans notre intestin, et dans nos bactéries. Leur présence dans le corps n'est pas considérée comme dangereuse, mais en tant que prédateurs de bactéries, l'équilibre de la flore (eubiose) pourrait être potentiellement perturbé dans certains cas.

Les phages sont souvent sous forme lysogénique

Seul le bactériophage ou uniquement son acide nucléique pénètre dans la bactérie et s'intègre au génome bactérien; il persiste longtemps à l'état latent sous forme de prophage. Cet évènement est appelé cycle lysogénique et le bactériophage est alors appelé tempéré.

Impossibles à cultiver en laboratoire, comme d'ailleurs l'immense majorité des bactéries intestinales, il a fallu attendre 2003 pour publier le premier séquençage du métagénome de ces phages humains.

Chaque individu possède son propre jeu de phages

La diversité des phages semble grande. C'est surtout l'acquis (l'alimentation, l'environnement...) et non pas l'inné (la génétique de l'individu) qui détermine la composition des communautés de phages dans les intestins. Les bactéries intestinales sont quant à elles sélectionnées plutôt par l'inné chez l'homme.

On ne relève pas de co-évolution entre bactéries et phages : les défenses bactériennes n'évoluent pas en fonction de la virulence des phages. Il est possible que la dynamique et l'évolution des phages et bactéries dans l'intestin soit lente à cause de l'abondance des prophages (inactifs).

Transfert de compétences

Le réservoir de gènes que représente - aussi - l'environnement est transporté par les phages d'un microbiome à l'autre. En témoigne cette étude de 2010 montrant le transfert au microbiote japonais d'enzymes porphyranases (Bacteroïdes plebeius ou Bp 1689) et agarases bactériennes d'origine marine. En effet, les japonais (du Japon) consomment environ 10 grammes par jour d'algues Porphyra - rouge -et à tout le moins les bactéries humaines ont "adapté" la population locale à sa nourriture marine... Il semble que les Occidentaux ne possèdent pas dans leur intestin la bactérie Bacteroïdes plebeius (anaérobie Gram -). 

Un jeu de poupées russes

Notre flore intestinale est un organe à part entière de notre organisme. Les phages représentent un écosystème de régulation de notre microbiote bactérien avec qui nous sommes en symbiose. Tout le monde se régule. Si une bactérie pathogène survient dans l'intestin, il y a fort à parier qu'elle sera neutralisée par un phage émergeant. 

Protection contre les bactéries pathogènes

Les Firmicutes et les Bacteroidetes représentent la quasi totalité de la flore intestinale d'individus en bonne santé, et cette situation est assez stable. Le tube digestif d'un individu possède un effet de barrière qui freine l'implantation de bactéries nouvellement arrivées (notamment avec les repas). Les infections à Clostridium difficile surviennent dans un contexte de perturbation sévère de l'écosystème bactérien intestinal, et sont très graves car quasiment insensibles aux antibiotiques. La mortalité des malades atteints est forte. Or, depuis quelques années, une nouvelle thérapeutique franchement révolutionnaire a vu le jour : la transplantation fécale, plus exactement la transplantation de flore fécale de sujets sains chez les sujets infectés à Clostridium difficile. Ce traitement donne 95 % de guérisons ! D'aucuns pensent que le transfert de bactériophages inhérent à la transplantation de flore y est pour beaucoup. Mais on sait pourtant que les phages ne provoquent pas une forte mortalité bactérienne. Affaire à suivre donc.


Avenir du passé


Cependant, l'idée d'utiliser les phages en thérapeutique anti-infectieuse n'est pas nouvelle. Elle est exploitée en Europe de l'est depuis environ 70 ans, surtout à une époque où l'on n'avait pas encore découvert les antibiotiques. Diverses combinaisons de phages étaient ainsi utilisées pour combattre des infections, souvent très graves. Des succès importants ont été obtenus et des guérisons spectaculaires voire inespérées ou improbables ont été publiées. 

Le manque d'apport financier et le développement de l'industrie des antibiotiques a presque tué cette recherche si prometteuse de résultats. Des voix s'élèvent :

- en savoir plus sur la phagothérapie -


Qu'est-ce que la phagothérapie ? 

La phagothérapie est l'usage de virus qui possèdent la particularité de n'infecter que les bactéries (et pas les cellules humaines), pour traiter les infections bactériennes. Ces bactériophages lytiques ont la capacité de reconnaître une bactérie spécifique, de l'infecter, de l'utiliser pour se multiplier in situ, et de la faire éclater en libérant les nouveaux phages produits (environ 100 phages pour une bactérie). Les phages disparaissent lorsque l'infection bactérienne est jugulée. Chaque phage n'infecte qu'un sous-groupe donné au sein d'une espèce bactérienne. Cette stratégie permet donc de n'attaquer que la bactérie pathogène contrairement aux antibiotiques à large spectre.


SEQUENCAGE = ordre de succession des 4 bases de l'ADN (A, T, C, G)

METAGENOME = ensemble des génomes des populations bactériennes d'un milieu donné

METAGENOMIQUE = étude collective des gènes, sans les détailler individu par individu

MICROBIOME = écosystème bactérien